La conservation du soja se fait en graine. Celles-ci obtenues après battage des gousses au fléau ou à l'aide d'une décortiqueuse.
Les graines sont conservées dans des jarres, greniers ou dans des sacs à des endroits secs et aérés.
Elles seront traités avec un insecticide (sofa grain) ou mélangées à de la cendre propre.
Pour éviter toute dégradation de la graine, il est souvent nécessaire de ventiler et parfois de sécher la graine pour atteindre rapidement la norme de 14% d'humidité et 2% d'impuretés.
