Ennemis
Les principaux ennemis du soja sont les insectes. Les plus dangereux sont les mouches, les punaises, les pucerons, les cochenilles et les coléoptères. Ils attaquent toute la plante (partie végétative jusqu'à la fleur et le fruit). On note également la présence de champignons et des nématodes qui s'attaquent aux racines arrêtant ainsi la croissance de la plante.
Maladies
Il s'agit notamment de l'anthracnose des feuilles et des tiges, la fusariose des racines et des viroses ou mosaïques. Contre ces maladies, il est conseillé d'utiliser les variétés améliorées résistantes ou de traiter les semences avant semis.
En cas de sclérotinia, par exemple après une légumineuse (ou tournesol) parasitée, il est possible de traiter avec un champignon parasite des sclérotes, le ContansWG 1 à 2 kg/ha avant semis si possible. En cas de semis attaqué par les limaces, il est possible d'utiliser le phosphate de fer Sluxx à 7kg/ha ou rechercher un traitement de substitution approprié.
