Les besoins azotés sont intégralement fournis par les nodosités, si l'inoculation est réussie. Il est recommandé d'inoculer toutes les parcelles.

Toutefois l'impasse peut être faite sur les parcelles ayant porté un soja bien nodulé au cours des 3 années précédentes. En revanche, pas d'impasse en sol sableux, calcaire ou acide. Les besoins en phosphore sont de 1,15kg de P2O5/q et de 1,2kg de K2O/q. C'est l'impasse qui est la plus pratiquée.

Au Bénin la fertilisation qui s'applique et les doses recommandées sont :

Appliquer l'engrais par poquet, 3 semaines après le semis ou juste après le démariage.